Introduction
Ce démonstrateur illustre le principe de fonctionnement du logiciel SENSAAS et concerne l'activité
"Découverte de nouveaux médicaments & Géométrie 3D"
SENSAAS est capable d'aligner des structures moléculaires 3D sur une molécule cible afin d'évaluer leur
similarité respective en terme de géométrie mais aussi de propriétés physico-chimiques. Cet outil peut être
utilisé notamment pour découvrir de nouveaux médicaments.
Démonstration
On considère ici une molécule cible (Alitrétinoïne, aka CR9) et 4 molécules candidates qui pourrait
la remplacer dans le cadre d'un traitement médicamenteux d'un cancer de la peau.
- Cliquez sur le bouton Charger la molécule cible.
- Cliquez sur le bouton Charger les molécules candidates
- Vous pouvez cliquer sur leur nom dans liste les visualiser individuellement.
- Cliquez sur Aligner les molécules pour obtenir les résultats des calculs faits par
SENSAAS.
- Après quelques secondes, on peut observer
- l'alignement obtenu pour chaque candidate en modifiant le switch
Alignée à coté de son nom,
- leur score de similarité avec la cible : plus le score est élevé, et plus les molécules
se ressemblent. La couleur du badge donne une indication visuelle de cette similarité.
On peut observer que la molécule la plus proche de l'Alitrétinoïne est le Bexarotène.
Epilogue
Le Bexarotène est utilisé depuis des années pour le traitement d'un cancer rare de la peau car il a les
mêmes effets bénéfiques que l'Alitrétinoïne, tout en étant moins toxique.
SENSAAS illustre parfaitement l'intérêt des outils informatiques pour la chimie médicinale : gain de
temps et économie !
Références
SENSAAS est un logiciel créé par Dominique DOUGUET (UniCA INSERM CNRS IPMC) et Frédéric PAYAN
(UniCA CNRS I3S).
- publication : Douguet D. and Payan F, SENSAAS: Shape-based Alignment by Registration of
Colored Point-based Surfaces, Molecular Informatics, 2020, 8, 2000081. doi:
10.1002/minf.202000081.
- code disponible sur GitHub
Note
Cette démonstration utilise une version simplifiée de SENSAAS pour des raisons de performance.
Le calcul des alignements et des scores de similarité n'est pour cela pas effectué en direct. Leurs valeurs
sont cependant les résultats réels produits par la simulation exécutée au préalable.
Raccourcis clavier
Utilisez les touches suivantes pour naviguer et interagir avec les molécules une fois qu'elles ont été
chargées :
- home
- sélectionne la molécule cible
- flèche haut/bas
- sélectionne la molécule candidate précédente/suivante
- espace
- bascule entre la position alignée ou défaut pour les molécules candidates
